La compañía española Sequentia Biotech, con sede en el Parc Científic de Barcelona (PCB), ha desarrollado Gaia una herramienta bioinformática online capaz de gestionar y analizar datos metagenómicos de cualquier comunidad microbiana generados por las tecnologías de nueva secuenciación (NGS) aplicadas a la genética humana, animal y vegetal.
La metagenómica, genómica ambiental o genómica de comunidades, es un novedoso campo dentro de la genómica, que trata de obtener y analizar, mediante tecnologías NGS, secuencias del genoma de los diferentes microorganismos que componen una comunidad sin la necesidad de aislarlos o cultivarlos in vitro. Es decir, se trata del análisis del metagenoma, el conjunto del ADN de todos los microorganismos presentes en un hábitat. Así, esta técnica permite obtener información tanto de la estructura de la comunidad como de la función de los genes microbianos que la componen.
Su potencial alcanza diversas áreas de las ciencias de la vida, naturales y experimentales, pero constituye un gran reto para la bioinformática. Todo, gracias a la gran cantidad de datos que surgen de mezclar genomas de cientos de microorganismos de diferentes especies, que interactúan entre sí para que el ecosistema se sustente.
Dentro de este desafío que afronta la bioinformática, es donde se encuadra el software Gaia. Consiste en una herramienta online que obtiene una visión completa y detallada del microbioma de diferentes ambientes procedentes del cuerpo humano, (estómago, boca, piel etc.), animales, residuos orgánicos, agricultura, y medio ambiente (tierra, agua, etc.). Walter Sanseverino, cofundador y CEO de Sequentia, ha afirmado que esta herramienta bioinformática online “proporciona análisis de datos metagenómicos a partir de muestras ambientales, lo que constituye una gran ventaja, ya que se estima que con los métodos tradicionales, basados en el aislamiento y cultivo de microorganismos in vitro, se ‘pierden’ entre 90-99% de los microbios de la muestra”.
Asimismo, este software trabaja a nivel de cualquier organismo, ya se trate de eucariotas, procariotas o virus, mientras que la mayoría de los sistemas bioinformáticos actuales que sólo lo hacen a nivel de bacterias. Además, es el primer software online que permite hacer un análisis comparativo entre muestras en tiempo real, permitiendo que el análisis sea mucho más amplio, rápido y eficiente.
Finalmente, Gaia no requiere formación especializada para utilizarla, gracias a una interfaz gráfica e intuitiva y a su sencillez de uso. Por eso cualquier investigador que no sea experto en bioinformática la puede utilizar, según ha destacado Riccardo Aiese cofundador y CSO de Sequentia Biotech. En su opinión, la principal innovación de este software “radica en que su funcionalidad y prestaciones son iguales o superiores a otros softwares, pero su facilidad de uso y rapidez es mucho mayores”. Además, ha añadido Aiese, Gaia es una plataforma cloud computing que se distribuye en la modalidad SaaS (Software as a Service), basada en la facturación por el consumo. Por eso “no requiere la instalación del software en el servidor”.
