La informática puede ser una potente herramienta para predecir la la capacidad infectiva de bacterias hacia plantas. Así se desprende de un estudio liderado por investigadores de la Universidad Politécnica de Madrid (UPM), que ha empleado métodos computacionales para identificar, de forma automática, si existen factores de patogenicidad conocidos. Para ello la herramienta, que puede utilizarse online, proporciona un catálogo instantáneo de las “armas” de las que dispone la bacteria.
Gracias a los datos que se obtienen con este sistema, el equipo de investigadores ha construido un ‘predictor’ capaz de distinguir los genomas de las bacterias patógenas de las no-patógenas, con una precisión de más del 90%. Tal y como ha explicado Pablo Rodríguez, uno de los investigadores que ha llevado a cabo este trabajo, “los avances en genómica permiten obtener la secuencia completa de cualquier especie bacteriana con facilidad, antes de que se haya podido estudiar el ciclo vital de la bacteria en cuestión. Por tanto, esta herramienta puede predecir si una bacteria implicada en una epidemia de nueva aparición tiene posiblemente un origen vegetal o no, lo cual proporcionaría una pista importante a los epidemiólogos para el control de dicha epidemia”.
Según han puesto de manifiesto desde la UPM, “las bacterias dominan el mundo”. Normalmente lo hacen “para bien”, pero la aparición de nuevas enfermedades bacterianas asociadas al consumo de plantas, como la epidemia de Escherichia coli en Alemania en 2011, hace necesario un método que permita predecir el origen de la bacteria a partir de los datos de su genoma.
Así, los investigadores han señalado que un pequeño número de especies bacterianas son capaces de infectar a otros organismos produciendo enfermedades. Eso, sin olvidar que las bacterias patógenas de plantas producen pérdidas importantes en cosechas y que algunos patógenos humanos se asocian a las plantas en algunas fases de su ciclo vital.
Cómo infectar a otro organismo
Habitualmente, para tratar de comprender cómo una bacteria es capaz de infectar a otro organismo, los microbiólogos desactivaban un gen particular de la bacteria y midiendo después su capacidad infectiva. La estrategia es efectiva, pero tiene limitaciones, ya que no proporciona una perspectiva global. Además, ahora están disponibles los genomas secuenciados de un gran número de bacterias que permite abordar la cuestión desde un nuevo punto de vista. Es decir, que ahora hay que preguntarse cuáles son los genes que debe contener un genoma bacteriano para que pueda infectar a una planta.
Bajo esta perspectiva se ha puesto en marcha esta investigación, que ha dado como resultado la herramienta denominada PIFAR, un repositorio público de determinantes genéticos bacterianos implicados en la interacción planta-bacteria. Su uso ha permitido predecir posibles interacciones entre bacterias y plantas, algunas de las cuales eran ya conocidas y otras no.
